Certains troupeaux ou alpages sont soumis à des attaques répétées au cours d’une même saison d’estive. Cette pression de prédation importante peut atteindre un niveau difficilement supportable, économiquement et psychologiquement.

Les mesures dérogatoires au statut de protection peuvent alors être mises en œuvre dans les conditions suivantes :
 prévention de dommages importants à l’élevage ;
 absence d’autre solution satisfaisante (protection ou effarouchement) ;
 maintien du loup dans un état de conservation favorable (aire de répartition stable ou croissante et dynamique positive de ses populations).

L’éleveur ou le berger peut ainsi être autorisé à procéder à un effarouchement (lumineux, sonore ou tir non létal) ou à un tir de défense à proximité immédiate du troupeau.

Lorsque la situation ne permet pas un tir de défense individuel, le préfet peut organiser une opération collective, toujours dans la limite du plafond annuel fixé en 2012 à 11 loups : le tir de prélèvement.

Dans tous les cas, les prélèvements de loups ne s’inscrivent pas dans une démarche de gestion de la population, et ce pour plusieurs raisons :
 le prélèvement d’un individu dans une meute établie n’a pas forcément de conséquence sur la prédation de la meute : la relation entre le nombre de loups au sein d’une meute et le nombre de proies prédatées n’est pas linéaire ; de plus, le prélèvement d’un loup peut désorganiser la meute et augmenter la prédation totale ;
 sur un plan juridique, la régulation au sein d’une meute visant à limiter la dispersion des jeunes afin de prévenir les dommages susceptibles d’être réalisés dans de nouveaux secteurs ne peut être envisagée.

Par contre, l’effarouchement ou le tir d’un loup à proximité immédiate du troupeau, de même que la présence de chiens de protection, vont participer à "l’éducation" du loup : l’espèce va associer le troupeau domestique à un danger potentiel et reportera sa prédation sur la faune sauvage.

Enfin, l’existence d’une possibilité de déroger au statut de protection du loup en dernier recours permet une meilleure acceptation sociale de la présence de l’espèce.

- Arrêté du 9 mai 2011 fixant les conditions et limites dans lesquelles des dérogations aux interdictions de destruction peuvent être accordées par les préfets concernant le loup (Canis lupus)
- Arrêté du 7 mai 2012 fixant le nombre maximum de spécimens de loups (Canis lupus) dont la destruction pourra être autorisée pour la période 2012-2013

Des études statistiques ont évalué, en fonction du taux de mortalité supposé et de la réussite de la reproduction, le pourcentage de la population pouvant être prélevé sans risque significatif d’extinction de la population à long terme. Selon les modèles, ce chiffre varie de 5 à 15%.

- Gestion adaptative de la population de loup en France : du monitoring à l’évaluation des possibilités de prélèvements, E. Marboutin, C. Duchamp et al. - 2005
- Modélisation de la viabilité d’une population de loups : Stratégies de conservation et de contrôle, Chaperon et al. - 2001